El Balneario de Bahía San Blas está ubicado a 9 mts sobre el nivel del mar, a 100 Kms de Carmen de Patagones, ciudad cabecera del partido, sobre la isla Jabalí, al sur del litoral marítimo de la provincia de Buenos Aires, a 285 kms de la ciudad de Bahía Blanca, a 667 kms de Santa Rosa, en La Pampa y a 970 kms de la ciudad de Buenos Aires.
Se llega a la misma, siguiendo la RN  3, a la altura del Km. 918 (en el paraje "La Querencia"), a unos 45 Kms al norte de Patagones, y luego desviándose por un camino de ripio hacia el este, de 57 Kms. (22 kms hasta José B. Casas y luego 35 kms más hasta San Blas).

La Bahía alberga varias islas de regular extensión, entre las cuales se destacan la "de los Césares", la "del Sur", "Flamenco", "Gama" y "Jabalí". Sobre esta última de 15 Kms de largo por aproximadamente 6 Kms de ancho, de aproximadamente 6000 has. es donde se encuentra la Villa, y  es la única urbanizada (440 habitantes, según las estadísticas municipales), y la más próxima a las costa. Su suelo es de canto rodado, salpicado por algunos médanos.
Esta isla constituye un notable centro de pesca de renombre internacional, este deporte se ve favorecido por una costa de canto rodado de distintos colores y pronunciado desnivel a corta distancia de la orilla (hasta 15 metros). 
A esta isla, la separan del continente dos rías, Jabalí del oeste y Guanaco del Sur, pudiéndose acceder a la misma por medio de un puente carretero de mano única.